Über die 6m lange Leiter und Stufen gelangt man in die Erste Halle. Von einer Plattform kann man die ersten Perlsinterbildungen betrachten, die zusammen mit den rotbraunen Lehmablagerungen das Bild der meisten Höhlenräume prägen. Eine niedrige Passage und eine 9m lange geknickte Leiter vermittelt den Durchstieg in die Zweite Halle, welche die Erste teilweise unterlagert. Den etwa 15m langen, steil abfallenden Kluftraum schmücken ebenfalls weiße Sinterbildungen, Klüfte und Schlote scheinen von Lehm verstopft, der Boden wird durch verkeiltes Blockwerk gebildet. Nach einer kurzen Schrägstrecke blickt man in den letzten und größten Raum am Führungsweg, in die Dritte Halle hinunter, deren Sohle man über eine 7m lange Leiter erreicht. Der 15m lange und bis 16m hohe Raum überrascht und beeindruckt auch höhlenerfahrene Besucher. Der Reichtum an Perl- und Korallensinterbildungen erreicht hier seinen Höhepunkt. Vereinzelt sind auch mehrere Dezimeter lange Stalaktiten zu bemerken.
Über eine Halde aus Lehm und Blockwerk absteigend und schließlich unter riesigen Versturzblöcken hindurch gelangt man zur Thermalquelle (+15°C) und steht damit am tiefsten Punkt der Höhle. Beim Aufstieg wird bis zur ersten Leiter derselbe Weg benützt. Von hier geht es dann über eine Kriechstrecke zum 12m tiefen, brunnenartigen Schacht des Alten Einganges und schließlich durch einen gekolkten Gang zurück zum Tageslicht.
Der überwiegende Teil der Höhlenstrecken ist unerschlossen und weitgehend von menschlichen Einflüssen unberührt. Dazu gehört der Neue Teil mit dem großen Versturzraum, der Mühlhoferhalle und dem Kerzenstüberl, für welches bescheidene Tropfsteingruppen charakteristisch sind. Am Ende des Neuen Teiles erreicht man in der Muthmannsdorfer Kluft den höchsten Punkt in der Höhle (+14m). Die Klüfte der Markthallen weisen besonders reichen Sinterschmuck auf. Bei den oberflächennahen Teilen Höhlenteilen F-Strecke und dem erst jüngst entdeckten Traumland handelt es sich um zum Teil extrem niedrige Schlufstrecken. Die Eisensteinhöhle ist Lebensraum für eine Artenreiche Tierwelt. Von den Fledermäusen sind Große und Kleine Hufeisennase regelmäßige Wintergäste.
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